El término homúnculo (del latín homunculus ´hombrecito´) es el diminutivo del hombre y se usa para ilustrar el funcionamiento de un sistema..

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También hay un homúnculo motor; las partes del cuerpo se representan en la corteza motora primaria, ubicada en el lóbulo frontal.

Al igual que para la sensibilidad, en el área motora, la mano, la boca y los pies están representados con mayor tamaño que el resto, es evidente ya que sus movimientos son más complejos y requieren mayor precisión. Por ejemplo el pulgar, que se usa en miles de actividades complejas, aparece mucho más grande que el muslo o el antebrazo, que tienen un movimiento relativamente simple. La corteza motora primaria de un hemisferio controla el lado opuesto. Otra zona relacionada es la corteza premotora que está relacionada con la elaboración de patrones de respuesta e interviene en movimientos complejos. Está situada delante de la corteza motora primaria (áreas 6 y 8 de Brodman). Recibe aferencias desde los ganglios basales.

También en el homúnculo se refleja la propiocepción cinestésica, es decir, cómo se siente el cuerpo al moverse. Esta representación cortical desempeña un papel principal en el fenómeno del miembro fantasma y su opuesto, o sea la desaparición de miembros corporales de la percepción consciente causada por ciertas lesiones cerebrales.

El homúnculo motor evoluciona con la edad y difiere de una persona a otra.

La mano en el cerebro de un recién nacido es diferente a la mano en el cerebro de un pianista. Este tipo de diferencias está presente también en otras condiciones. Probablemente puedas flexionar y extender sólo la punta de tu pulgar a voluntad. La mayoría de la gente puede hacer esto con bastante facilidad, pero relativamente poca gente puede hacer movimientos análogos con el resto de los dedos. Algunos pueden plegar o girar la lengua, otros mover en forma independiente cada oreja o arquear una sola ceja. La diferencia se debe a las variaciones en la organización funcional de las áreas del cerebro relacionadas, es decir presentan un mayor número de neuronas asociadas.

Hay que destacar la gran capacidad plástica del cerebro y la maleabilidad de su estructura funcional.

Esto significa que si utilizamos más una parte del cuerpo, el cerebro generará un mayor número de conexiones (sinapsis) en el área correspondiente a esa parte, modificando y reestructurando la red neuronal y por lo tanto su fisiología.

El mapa cartográfico que conocemos como Homúnculo de Penfield (en el córtex somatosensorial) no es la única representación topográfica del cuerpo ya que este mapa cartográfico existe también en el tálamo, cerebelo y en la propia médula espinal.