Charles Darwin y la teoría evolutiva basada en la selección natural.

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Su primera parada, Santiago de Cabo Verde, Darwin descubrió que uno de los lugares elevados en la roca volcánica contenían restos de conchas. Fitzroy le había prestado poco antes la obra de Charles Lyell “Principios de Geología”, que exponía los principios uniformistas según los cuales el relieve se formaba mediante surgimientos o hundimientos a lo largo de inmensos períodos por lo que Darwin comprendió ese fenómeno y se planteó escribir en el futuro una obra sobre geología.

En otra de sus paradas, Brasil, Darwin quedó asombrado por el bosque tropical, pero aborreció el fenómeno de la esclavitud. En Punta Alta y en los barrancos de la costa de Monte Hermoso, realizó un hallazgo al localizar en una colina fósiles de enormes mamíferos extintos junto a restos modernos de bivalvos, extintos más recientemente de manera natural. Identificó, por medio del fósil de un diente, al poco conocido megaterio, que en principio asoció con el caparazón de una versión gigante (gliptodonte) de la armadura de los armadillos locales. Estos hallazgos despertaron un enorme interés en su regreso a Inglaterra. Cabalgando con los gauchos del interior, se dedicó a observar la geología y extraer más fósiles, adquiriendo, al mismo tiempo, una perspectiva de los problemas sociales, políticos y antropológicos tanto de los nativos como de los criollos en el momento anterior a la revolución de los Restauradores. También, aprendió que los dos tipos de ñandú poseen territorios separados, aunque superpuestos.

Darwin examinó la diversidad de la fauna y la flora en función de los distintos lugares. Así, pudo comprender que la separación geográfica y las distintas condiciones de vida eran la causa de que las poblaciones variaran independientemente unas de otras. Continuando su viaje hacia el sur, observó llanuras aplanadas llenas de guijarros en las que acumulaciones de restos de conchas formaban pequeñas elevaciones. Como estaba leyendo la segunda obra de Lyell, asumió que se trataba de los "centros de creación" de especies que éste describía, aunque por primera vez comenzó a cuestionar los conceptos de lento desgaste y extinción de especies defendidos por Lyell.

En Tierra del Fuego se produjo el regreso de tres nativos que habían sido embarcados durante la primera expedición del Beagle, con objeto de recibir una educación que les permitiera actuar de misioneros. Darwin los encontró amables y civilizados, aunque los otros nativos le parecieron "salvajes, miserables y degradados", tan distintos de los que iban a bordo. Al contrario que sus colegas científicos, empezó a sospechar que no existía una diferencia marcada entre los animales y las personas. Al cabo de un año, la misión había sido abandonada. Uno de los retornados, a quien le habían dado el nombre cristiano de Jemmy Button, vivía con los demás nativos, se había casado y manifestó no tener ningún deseo de volver a Inglaterra.

En el territorio de Chile, Darwin fue testigo de un terremoto, observando indicios de un levantamiento del terreno, entre los que se encontraban acumulaciones de valvas de mejillones por encima de la línea de la marea alta. Sin embargo, también encontró restos de conchas en las alturas de los Andes, así como árboles fosilizados que habían crecido a pie de playa, lo que le llevó a pensar que según subían niveles de tierra, las islas oceánicas se iban hundiendo, formándose así los arrecifes de coral.

Por último, en las Islas Galápagos, Darwin se dedicó a buscar indicios de un antiguo "centro de creación", y encontró variedades de pinzones que estaban emparentadas con la variedad continental, pero que variaban de isla a isla. También, recibió informes de que los caparazones de tortugas variaban ligeramente entre unas islas y otras, permitiendo así su identificación.

Entre todo lo que Darwin aprendió y observó durante su viaje; la sucesión de paisajes, las diferentes especies de animales y plantas en su geografía y la variedad de razas humanas, lo más que se conoce sobre las investigaciones de Darwin, aunque no por tal razón es superior a todos los demás hallazgos, es su estudio de las diferentes variedades de pinzones en las Islas Galápagos. La razón por la cual este estudio es tan reconocido es porque provee un perfecto ejemplo que apoya la teoría de la selección natural. Darwin observó que lo que vivía en un lugar era diferente a lo que vivía en otro, a pesar de que estaba estudiando organismos de la misma especie. Charles Darwin, luego de observar y analizar, concluyó que las especies se adaptan de acuerdo a su entorno y que las características que le permitan a una especie sobrevivir y reproducirse, es decir, las características favorables, permanecerán en cierta región mientras que características favorables en otra región, prevalecerían en la misma de igual forma.

El viaje del Beagle fue el auge de su carrera y por eso se publicaron los cinco volúmenes de "Zoology of the Voyage of the Beagle" entre el 1839 y el 1842, bajo los auspicios del gobierno, a cuya obra, compilada por los principales especialistas de la época, contribuyó redactando la introducción y numerosas notas, actuando como editor y asesor. En el tomo de mamíferos de esta obra, escrito en su mayor parte por George Waterhouse, Darwin agregó un apéndice sobre los hábitos de los mamíferos. Este aspecto de sus investigaciones es importante, porque en este campo también fue fundador, y más tarde escribió un libro sobre el mismo tema. Al volumen de fósiles de mamíferos, escrito por Richard Owen, Darwin le hizo una introducción geológica. Charles hizo descubrimientos increíbles que hoy en día explican la evolución en todos sus entornos.

En su famoso escrito, “El Origen de las Especies” Darwin expone una extensa argumentación a partir de observaciones detalladas e anticipa las objeciones a su teoría de la selección natural. Su única mención sobre la evolución humana fue un comentario en el que decía que "se arrojará luz sobre el origen del hombre y su historia." Su teoría se formula en la Introducción:

“Como de cada especie nacen muchos más individuos de los que pueden sobrevivir, y como, en consecuencia, hay una lucha por la vida, que se repite frecuentemente, se sigue que todo ser, si varía, por débilmente que sea, de algún modo provechoso para él bajo las complejas y a veces variables condiciones de la vida, tendrá mayor probabilidad de sobrevivir y, de ser así, será naturalmente seleccionado. Según el poderoso principio de la herencia, toda variedad seleccionada tenderá a propagar su nueva y modificada forma.”

Darwin argumentó en favor de un origen común de las especies