Desde tiempos milenarios los pueblos y nacionalidades indígenas han ejercido prácticas y costumbres basadas en su derecho consuetudinario

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Su autoridad como ya citamos es el Consejo de Gobierno que tiene pluralidad jurisdiccional, elegidos por todas y todos los indígenas en las denominadas Asambleas Generales, también existen cargos con precepto de autoridad como: presidente, vicepresidente, tesorero, secretario y síndico del consejo, elegidos por su idoneidad ya que son personas honorables, capaces, conocedoras de las buenas costumbres, honradas y con ímpetu de líderes. El Consejo de Gobierno entonces posee responsabilidades administrativas, políticas, económicas, sociales y culturales, por ende también puede resolver conflictos aplicando procedimientos ancestrales, que garanticen la dignidad y respeto de las personas.

En competencia por las personas, la justicia ancestral, su aplicación y ejecución de sanciones se aplica a todas las personas infractoras pertenezcan o no a la comunidad, recordando siempre que los daños se hayan cometido dentro de los territorios indígenas, por lo tanto los infractores pueden ser indígenas o no. Otro límite de aplicación de la justicia indígena, sería por la materia, para unos autores la justicia ancestral de los indígenas no debería resolver materia penal, delitos, otros jurisconsultos consideran que deberían hacerlo en delitos menores, y un tercer grupo considera que deben actuar solo en conflictos propios de las comunidades, para ello nuestra Corte Constitucional ha ejercido el control de constitucionalidad emitiendo fallos que solventan esta controversia, y mediante resolución dispuso que cuando se trate de delitos contra la vida, la competencia sería de la justicia ordinaria y no de la justicia indígena, tomando en cuenta que respetando sus costumbres el Estado en la actualidad ya cuenta con Fiscalías Indígenas, los fiscales, secretarios y asistentes de las mismas comunidades en la mayoría de los casos, saben hablar quechua, quienes aparte de los conocimientos ancestrales conocen el derecho común. La justicia indígena lo ve como actos de sanación de purificación del culpable y conciencia, siempre y cuando no afecten la dignidad de los seres humanos infractores.

Los servidores policiales deben estar presentes en estos actos para que no se lo castigue más de la cuenta y luego ponerle a buen recaudo así mismo socializar a las personas desconocidas que no pertenece a dicha comunidad, con el fin de evitar estos ajusticiamientos, e indicarles que ellos tienen tradiciones y leyes diferentes que la ley ordinaria. Hay que respetar las costumbres y tradiciones ancestrales y respetar la justicia indígena pero no permitir los tratos crueles innecesarios en el proceso de juzgamiento ya que están violentando los derechos, en materia penal el Consejo de Gobierno conocerá todos los conflictos, pero cuando se trate de homicidios, asesinatos, la competencia será de la justicia ordinaria, aquí es en donde puede el Fiscal Indígena solicitar nuestro apoyo, y podremos actuar en los demás casos que no sean contra la vida los conflictos corresponderán al Consejo de Gobierno en aplicar la justicia indígena.