Secretario de Educación Nacional: tiene como función coordinar y vigilar, que todos los demás órganos estén haciendo su función.

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- DIRECCIÓN DE INVESTIGACIÓN Y EVALUACIÓN

- SUBDIRECCIÓN DE INVESTIGACIÓN DE CAMPO

- DIRECCIÓN DE DESARROLLO DEL CURRÍCULUM INTERCULTURAL

- DEPARTAMENTO DE INTERCULTURALIDAD

- DIRECCIÓN DE EDUCACIÓN INFORMAL Y VINCULACIÓN

- DIRECCIÓN DE INFORMACIÓN Y DOCUMENTACIÓN

- DIRECCIÓN DE DISEÑO Y APOYO A INNOVACIONES EDUCATIVAS

- DIRECCIÓN DE FORMACIÓN Y CAPACITACIÓN DE AGENTES EDUCATIVOS

- DIRECCIÓN DE EDUCACIÓN MEDIA SUPERIOR Y SUPERIOR

ÓRGANO INTERNO DE CONTROL: Es una instancia de apoyo a la función directiva, que busca promover la cultura de transparencia en la gestión gubernamental, rendición de cuentas y desempeño eficiente en el Centro de Investigación en química Aplicada (CIQA), actuando como agente de cambio a fin de garantizar la probidad, eficiencia y eficacia en el uso de los recursos públicos asignados al CIQA.

- TITULAR DE ÁREA DE AUDITORÍA PARA DESARROLLO Y MEJORA DE LA GESTIÓN PÚBLICA

- TITULAR DEL ÓRGANO INTERNO DE CONTROL EN LA SEP

- DIRECCIÓN DE DESARROLLO DE LA GESTIÓN INSTITUCIONAL

- DIRECCIÓN DE MODERNIZACIÓN Y EVALUACIÓN DE LA GESTIÓN INSTITUCIONAL

- DIRECCIÓN DE MEJORA REGULATORIA Y PROFESIONALIZACIÓN DE LA GESTIÓN INSTITUCIONAL

- TITULAR DEL ÁREA DE AUDITORÍA INTERNA

- DIRECCIÓN DE AUDITORÍA A SERVICIOS EDUCATIVOS

- DIRECCIÓN DE AUDITORÍA FINANCIERA

- DIRECCIÓN DE AUDITORÍA ADMINISTRATIVA Y OBRA PÚBLICA DE AUDITORÍA DE CUMPLIMIENTO DE PROGRAMAS

- DIRECCIÓN DE AUDITORÍA FORÁNEA

- TITULAR DEL ÁREA DE RESPONSABILIDADES

- DIRECCIÓN DE RESPONSABILIDADES ZONA SUR

- DIRECCIÓN DE RESPONSABILIDADES ZONA NORTE

- DIRECCIÓN DE INCONFORMIDADES

- DIRECCIÓN JURÍDICA

- TITULAR DEL ÁREA DE QUEJAS

- DIRECCIÓN DE QUEJAS Y DENUNCIAS ZONA NORTE

- DIRECCIÓN DE QUEJAS Y DENUNCIAS ZONA SUR

- DIRECCIÓN DE ATENCIÓN DIRECTA

- COORDINACIÓN ADMINISTRATIVA

- DEPARTAMENTO (ASISTENTE ADMINISTRATIVO)

- DIRECCIÓN DE MODERNIZACIÓN Y EVALUACIÓN DE LA GESTIÓN INSTITUCIONAL

- DIRECCIÓN DE DESARROLLO DE LA GESTIÓN INSTITUCIONAL

- SUBDIRECCIÓN DE EVALUACIÓN DE LA MEJORA Y TRANSFORMACIÓN INSTITUCIONAL

- SUBDIRECCIÓN DE INFORMÁTICA

- SUBDIRECCIÓN DE IDENTIFICACIÓN Y EVALUACIÓN DE RIESGOS

- SUBDIRECCIÓN DE MODERNIZACIÓN Y MEJORA DE LA GESTIÓN

- DEPARTAMENTO DE MEJORA DE LA GESTIÓN

- DIRECCIÓN DE MEJORA REGULATORIA Y PROFESIONALIZACIÓN DE LA GESTIÓN INSTITUCIONAL

- DIRECCIÓN DE MODERNIZACIÓN Y EVALUACIÓN DE LA GESTIÓN INSTITUCIONAL

- SUBDIRECCIÓN DE TRANSPARENCIA Y RENDICIÓN DE CUENTAS

- SUBDIRECCIÓN DE CALIDAD DE TRÁMITES Y SERVICIOS

- SUBDIRECCIÓN DE FORTALECIMIENTO DE LA GESTIÓN INSTITUCIONAL

- SUBDIRECCIÓN DE SISTEMAS

- DIRECCIÓN DE MEJORA REGULATORIA Y PROFESIONALIZACIÓN DE LA GESTIÓN INSTITUCIONAL

- SUBDIRECCIÓN DE MEJORA REGULATORIA

- SUBDIRECCIÓN DE EVALUACIÓN Y CONTROL

- SUBDIRECCIÓN DEL SERVICIO PROFESIONAL DE CARRERA

- SUBDIRECCIÓN DE DIAGNÓSTICOS DE MEJORA DE LA GESTIÓN

- TITULAR DEL ÁREA DE AUDITORÍA INTERNA

- DIRECCIÓN DE AUDITORÍA A SERVICIOS EDUCATIVOS

- SUBDIRECCIÓN DE AUDITORÍA A SERVICIOS EDUCATIVOS “A”

- DEPARTAMENTO DE INTEGRACIÓN

- SUBDIRECCIÓN DE AUDITORÍA A SERVICIOS EDUCATIVOS “B”

- SUBDIRECCIÓN DE AUDITORÍA A SERVICIOS EDUCATIVOS “C”

- SUBDIRECCIÓN DE AUDITORÍA A SERVICIOS EDUCATIVOS “D”

- DIRECCIÓN DE AUDITORÍA FINANCIERA

- SUBDIRECCIÓN DE AUDITORÍA FINANCIERA “A”

- SUBDIRECCIÓN DE AUDITORÍA FINANCIERA “B”

- SUBDIRECCIÓN DE AUDITORÍA FINANCIERA “C”

- DEPARTAMENTO DE INTEGRACIÓN

- DIRECCIÓN DE AUDITORÍA ADMINISTRATIVA Y OBRA PÚBLICA

- SUBDIRECCIÓN DE AUDITORÍA ADMINISTRATIVA Y OBRA PÚBLICA “A”

- SUBDIRECCIÓN DE AUDITORÍA ADMINISTRATIVA Y OBRA PÚBLICA “B SUBDIRECCIÓN DE AUDITORÍA ADMINISTRATIVA Y OBRA PÚBLICA “C”

- DEPARTAMENTO DE INTEGRACIÓN

- DIRECCIÓN DE AUDITORÍA DE CUMPLIMIENTO DE PROGRAMAS

- SUBDIRECCIÓN DE AUDITORÍA DE CUMPLIMIENTO DE PROGRAMAS “A”

- DEPARTAMENTO DE INTEGRACIÓN

- SUBDIRECCIÓN DE AUDITORÍA DE CUMPLIMIENTO DE PROGRAMAS “B”

- DEPARTAMENTO DE INTEGRACIÓN

- DIRECCIÓN DE AUDITORÍA FORÁNEA

- SUBDIRECCIÓN DE AUDITORÍA FORÁNEA

- TITULAR DEL ÁREA DE RESPONSABILIDADES

- DIRECCIÓN DE RESPONSABILIDADES ZONA SUR

- SUBDIRECCIÓN DE RESPONSABILIDADES “A” ZONA