Tecnologías de Recombinación Genética

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Especie

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Ident%

Pan trglodytes

100

99

Gorilla gorilla

48

99

Pongo pymaeus

48

97

Saguinus oedipus

48

85

Nomascus neucogenys

43

95

Rhinopitecus bieti

36

95

Bos grunniens

36

74

- Máxima parsimonia

[pic 10]

El menor número de eventos evolutivos, diciendo que la teoría más simple es la adecuada, entonces, viendo la similitud que tenían las diversas especies al humano en el alineamiento realizado en BLAST, Pan troglodytes y el humano tenían un parecido de secuencias del 100% con una identidad del 99%, después continuaba Gorilla gorilla y Pongo pymaeus, Saguinus oedipus tenia que estar antes de Nomascus leucogenys, y el OTU que es Bos gurnniens es el mas alejado lo cual corresponde al alineamiento en BLAST.

- Máxima probabilidad

[pic 11]

En el árbol de máxima probabilidad el OTU es una rama muy apartada lo cual cumple su función, se agruparon las ramas de Gorilla gorilla, humano y Pan trglodytes pero la diferencia con entre humano y Gorilla es mayor por lo cual no deberían estar juntas.

- Distancias genéticas

[pic 12]

Alineamiento con proteínas

En el alineamineto con proteínas, todas las especies comenzaban con la serina por lo que esperaba menos gags y mayor exactitud.

- Maxima parsimonia

[pic 13]

Las especies más cercanas eran Homo sapiens y Pan trglodytes, pero en este árbol vemos que tienen diferentes ramas además el Humano esta bastante cerca del OTU y este no es una ramificación apartada, en este árbol Pan trgloytes actúa de OTU dando una ramificación externa lo cual indica un alineamiento incorrecto.

- Máxima probabilidad

[pic 14]

En este árbol el OTU si cumple su función, pero cuatro especies están juntas, la más cercana es Pan trglodytes que tendría que ser la única que estaría en la misma rama con el humano.

- Distancias genéticas

[pic 15]

Búsqueda de un vector

- Sitios de restricción en la secuencia

[pic 16]

Mediante el programa de Vector NTI buscamos los sitios de restricción con los que contaba mi secuencia de 2901pb, de estos sitios de restricción seleccionamos a Xma1(110) y a Nco1(2453).

- Vector de clonación

[pic 17]

El vector de clonación seleccionado a partir del programa Vector NTI tiene un tamaño de 8198 pb, con un gen de resistencia a la ampicilina y en este vector se seleccionaron los sitios de restricción son Nco1(2255) y Xma1(1684), habiendo 571 pb en este segmento dando un vector con 7627 pb donde se introducirá la secuencia codificante para la eritropoyetina de 2901 pb obteniendo un vector con un tamaño final de 10528 pb.

El vector seria clonado en una levadura ya que la proteína seleccionada tiene intrones, posee un gran tamaño, además de que las modificaciones postraduccionales son necesarias para el funcionamiento correcto de la proteína, además el tiempo de duplicación de la levadura es relativamente rápido, aunque en bacterias la producción seria mayor pero no cuentan con las modificaciones postraduccionales que requiere el gen para su funcionamiento óptimo.

Conclusiones

El manejo adecuado de las bases de datos para la obtención de secuencias de diversas proteínas, así como la utilización de programas computacionales que son recursos indispensables para realizar actividades como alineamientos, búsqueda de primers y sitios de restricción, juegan un papel importante en la investigación y formación de un académico.

El análisis y comparación, así como el conocimiento que se adquiere mediante la práctica es indispensable para el entendimiento del tema.

Referencias

http://www.eritropoyetina.com/

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi