1. Historia de vida de la palma de cera (Ceroxylon quindiuense)

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5. Análisis de la especie Triatoma dimidiata en los programas MEGA 7 y dnasp.

5.1. Realizar la búsqueda en GenBank y ejecutar BLAST. Como se muestra en la imagen, se han seleccionado 60 secuencias significativas para poder ser alineadas.

[pic 13]

[pic 14]

Después de descargar el archivo en formato .txt de las respectivas secuencia para ser alineadas, se procede a cambiar a formato FASTA para que pueda MEGA 7 abrir el documento y así poder realizar la alineación correspondiente, como se muestra en la siguiente imagen.

5.2. Alineamiento de las secuencias de Triatoma dimidiata. Esta secuencia se guarda en un archivo para que sea utilizado en el programa dnasp, para poder realizar el análisis.

[pic 15]

5.3. Resultado final que arroja el programa DnaSP, para poder realizar el análisis correspondiente.[pic 16]

[pic 17][pic 18]

Se realizó el alineamiento de secuencias de la región del citocromo b en las 59 secuencias alineadas en MEGA 7. Y luego en DNAsp nos muestra los anteriores resultados.

5.4. Cálculos de unos estimadores de variación genética.

- Polimorfismo en el ADN

[pic 19]

Estos análisis se realizaron para las secuencias obtenidas para el gen Citocromo b, con el software DNAsp, se determinaron el número de sitios polimórficos (S), el número de haplotipos (h), la diversidad Haplotípica (Hd), la diversidad nucleotídica (Pi), y el número promedio de diferencias nucleotídicas (k) por secuencia para determinar la diversidad genética.

Los estadísticos obtenidos para Triatoma dimidiata para el gen mitocondrial Citocromo b son: Número de sitios polimórficos S: 568, fueron encontradas un total de 867 mutaciones, el número de haplotipos encontrados fue de h=83, la diversidad haplotipica Hd: 0,998, la diversidad nucleotidica Pi: 0,21376, número promedio de diferencias nucleotidicas k: 128,256 y Theta-W: 122,249. De esta manera se observa que Triatoma dimidiata presenta altos niveles de diversidad genética. En general, con estos índices de diversidad genética podemos inferir que sus niveles de variación son altos.

Las diferencias en términos de número de haplotipos, diversidad haplotipica y distancias genéticas sugieren un uso potencial de este marcador pero que deberá verificarse en algún estudio posterior en el rango geográfico de distribución de la especie de forma que se pueda evaluar la consistencia del marcador quizá a nivel taxonómico.

- Análisis de distribución Mismatch

[pic 20]

Fueron calculados los estadísticos R2 y r que pueden ser observados en la anterior imagen. Se aplicó la prueba a la población en general.

Grafica 1. Gráfico de distribución de diferencia entre parejas de secuencias.

[pic 21]

Podemos analizar que en el caso de la población en general, se observa claramente que la distribución más ajustada se da cuando hay un modelo de expansión poblacional, lo cual es validado por el pequeño valor del estadístico r (r=0,0030).

6. Conclusiones

- La información obtenida puede servir de línea base para evaluaciones futuras para el seguimiento en el tiempo, tanto de la evolución del paisaje como de la genética de las poblaciones que soporta, en aras de alcanzar un mayor conocimiento de las dinámicas espaciales y su influencia en los organismos. Esto es significativo en la importancia estratégica para la conservación de la biodiversidad.

- En la selección del gen y las secuencias a trabajar fueron exportadas de la base de datos reportados en el GenBank, a través de la herramienta BLAST. Que son de gran importancia para el alineamiento de las secuencias en MEGA 7 y los análisis posibles a través de DNAsp, como ejemplo la diversidad nucleotídica y la determinación del número de sitios polimórficos importantes para realizar análisis de variación génica, siendo muy importante para la conservación de las especies y sus poblaciones.

7. Bibliografía

- http://www.banrepcultural.org/blaavirtual/revistas/credencial/julio2001/lapalma.htm

- http://www.bdigital.unal.edu.co/12957/

- http://www.bdigital.unal.edu.co/12957/1/190864.2013.pdf

- http://biogenic-colombia.blogspot.com.co/2013/02/genetica-de-poblaciones-filogeografia-y.html

- https://bioinformaticaencolombia.blogspot.com.co/2016/10/estudios-de-secuenciacion-genomica-y.html

- http://www.megasoftware.net/

- http://www.ub.edu/dnasp/