TBP es un factor universal
Enviado por tomas • 16 de Septiembre de 2018 • 1.370 Palabras (6 Páginas) • 228 Visitas
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La unión de TBP puede ser inconsistente con la presencia de octámeros de nucleosomas. Los nucleosomas se unen preferencialmente poniendo las secuencias únicas en A-T con las calidades menores orientadas hacia adentro (ver el capítulo titulado Cromatina); como resultado, ellos podrían evitar la unión de TBP. Esto puede explicar porque la presencia de 1 nucleosoma en el promotor evita la iniciación de la transcripción.
TBP se une a la cavidad menor y envuelve al ADN en ~80°, como se ilustró en la figura 20.10. La caja TATA se ajusta hacia la cavidad mayor, ensanchando la cavidad menor. La distorsión está restringida a 8pb de la caja TATA; en cada extremo de la secuencia, la cavidad menor tiene su anchura usual de ~5 Å, pero en el centro de la secuencia la cavidad menor es >9 Å. Esto es 1 deformación de la estructura, pero en realidad no separa las cadenas del ADN porque se mantiene el apareamiento de bases. El alcance de la unión puede variar con la secuencia exacta de la caja TATA, y esta correlacionado con la eficiencia del promotor.
La estructura tiene varias implicaciones funcionales. Cambiando la organización espacial del ADN en cualquier lado de la caja TATA, esto permite a los factores de transcripción y a la ARN polimerasa formar 1 asociación más estrecha que la que sería posible sobre el ADN lineal. El ajuste en la caja TATA corresponde energéticamente al destorcimiento de 1 tercio de vuelta del ADN, y es compensado por la torsión positiva. La presencia de TBP en la cavidad menor, combinada con otras proteínas de unión en la cavidad mayor, crea 1 alta densidad de proteínas – el ADN entra en contacto en esta región. La unión de TBP purificado a ADN in vitro protege ~1 vuelta de la doble hélice en la caja TATA, típicamente extendiéndose desde -37 - 25. Uniéndose al complejo TFIID en la reacción de iniciación, sin embargo, regularmente proteger la región desde -45 - 10.
Dentro de TFIID como 1 complejo de proteínas libres, el factor TAF1 se une a TBP, donde este ocupa 1 superficie con cava que se une al ADN. De hecho, en la estructura del sitio de unión, la cual ya se en el dominio N-terminal de TAF1, la cual limita la superficie de la cavidad menor en el ADN. Esta similitud molecular permite a TAF1 controlar la capacidad de TBP para unirse al ADN; el dominio N-terminal de TAF1 debe ser desplazado de la superficie que se une al ADN de TBP con el fin de que TFIID se 1 al ADN.
Sorprendentemente, varios TAFs se asemejan a las histonas: 9 de 14 TAFs contienen 1 dominio de histonas plegado, aunque en la mayoría de los casos los TAFs carecen de residuos de este dominio que sean responsables unión al ADN. 4 TAFs no tienen alguna capacidad intrínseca de unión al ADN: TAF4b, TAF12, TAF9, y TAF6 son homólogos (distantes) de las histonas H2A, H2B, H3 y H4, respectivamente. (Las histonas forman el complejo básico que se une al ADN en la cromatina eucariótica; ver el capítulo titulado Cromatina). TAF4b/TAF12 y TAF9/TAF6 forman heterodímeros usando el motivo plegado de histona; juntas pueden constituir la base para 1 estructura semejante al octámero de histonas. Tal estructura puede ser responsable para las interacciones no secuencia específicas de TFIID con el ADN. Los pliegues de histona también son usados para los apareamientos entre otros TAFIIs.
Algunos de los TAFIIs pueden ser encontrados en otros complejos así como en TAFIID. En particular, el TAFIIs similar a histona también es encontrado en complejos proteicos que modifican la estructura de la cromatina antes de la transcripción (ver el capítulo titulado La regulación de la transcripción eucariótica).
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