PROGRAMA DE INGENIERÍA DE BIOPROCESOS Genética y Bioinformática Prácticas

...

- ¿Cuál es el % de identidad entre ambas secuencias?

- ¿Cuál es el % de similitud entre ambas secuencias?

- Registre el Score y la penalidad por gaps

- Comparar los resultados obtenidos en el NCBI—BLAST—Needleman-Wunsch Global Sequence Alignment Tool

SECUENCIAS PARA EJERCICIO 1

>CYB_HUMAN ID CYB_HUMAN STANDARD; PRT; 380 AA.

MTPMRKINPLMKLINHSFIDLPTPSNISAWWNFGSLLGACLILQITTGLFLAMHYSPDAS

TAFSSIAHITRDVNYGWIIRYLHANGASMFFICLFLHIGRGLYYGSFLYSETWNIGIILL

LATMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLLSAIPYIGTDLVQWIWGGYSVDSPTLTRFFT

FHFILPFIIAALATLHLLFLHETGSNNPLGITSHSDKITFHPYYTIKDALGLLLFLLSLM

TLTLFSPDLLGDPDNYTLANPLNTPPHIKPEWYFLFAYTILRSVPNKLGGVLALLLSILI

LAMIPILHMSKQQSMMFRPLSQSLYWLLAADLLILTWIGGQPVSYPFTIIGQVASVLYFT

TILILMPTISLIENKMLKWA

>CYB_DROME ID CYB_DROME STANDARD; PRT; 378 AA.

MNKPLRNSHPLFKIANNALVDLPAPINISSWWNFGSLLGLCLIIQILTGLFLAMHYTADI

NLAFYSVNHICRDVNYGWLLRTLHANGASFFFICIYLHVGRGIYYGSYKFTPTWLIGVII

LFLVMGTAFMGYVLPWGQMSFWVATVITNLLYAIPYLGMDLVQWLWGGFAVDNATLTRFF

TFHFILPFIVLAMTMIHLLFLHQTGSNNPIGLNSNIDKIPFHPYFTFKDIVGFIVMIFIL

ISLVLISPNLLGDPDNFIPATPLVTPAHIQPEWYFLFAYAILRSIPNKLGGVIALVLSIA

ILMILPFYNLSKFRGIQFYPINQVMFWSMLVTVILLTWIGARPVEEPYVLIGQILTVVYFLYYLVNPLITKWWDNLLN

2. Las secuencias del ejercicio 2 corresponden a una región de un mRNA y la otra de la región de DNA correspondiente, realizando un alineamiento global (NCBI o EBI), conteste lo siguiente:

- ¿Cuántos intrones hay?

- ¿Cuál es la longitud en pares de bases del primer intrón?

SECUENCIAS PARA EJERCICIO 2

>ref|NT_033778.2|:12293228-12293796 Drosophila melanogaster chromosome 2R

ATGGAACAGGCGTACAGTACAGCTTCCCGACTGCGTGGGATTTGCGTTTGTGGATTGGCCATTTCGGTGT

ATTCACTGTATGTGAAAATGAAACTAAAGGAGGATGAGAACTATAGGCCAATGTGCGACGTTAACGATAA

TATAAGCTGCTCGCTGGTTTTTAAATCGGGGTAGGTAAGATTATAATATATACAATATAAATTTAATGAA

ATAATTTTCCATCAGCTATGGTGATGGCTTTGGTCTGGGTAACATAACCCAAGTAAATGCTCCCAACGGA

GCCATCGGCTGTGCATTTTATATCCTGTACTTCTTGAGCTGTACGTAAATTTCTTAGTACAAACTAAACT

AAATTTAATAAGCATTTGTTTTCAGCTTTCTTTAATCATCGTTGGCTGTGCCTGGTCCAATTGATAGTAT

GCACTTTGACATTACTTCTCTGCGTTTATCTGGGTTTCCTGCTGATTCTCGTGTTTTACGATTTCTGTTT

GGTATGCGTGACCATCTATTTCATACACACATGGCTCTTTCAGGAAGTCCTAAGGCGATATAGACGCCTT

TATATGTAA

>gi|62471730|ref|NM_001014533.1| Drosophila melanogaster Vitamin-K epoxide reductase CG33544-PA (Vkor) mRNA, complete cds

ATGGAACAGGCGTACAGTACAGCTTCCCGACTGCGTGGGATTTGCGTTTGTGGATTGGCCATTTCGGTGT

ATTCACTGTATGTGAAAATGAAACTAAAGGAGGATGAGAACTATAGGCCAATGTGCGACGTTAACGATAA

TATAAGCTGCTCGCTGGTTTTTAAATCGGGCTATGGTGATGGCTTTGGTCTGGGTAACATAACCCAAGTA

AATGCTCCCAACGGAGCCATCGGCTGTGCATTTTATATCCTGTACTTCTTGAGCTCTTTCTTTAATCATC

GTTGGCTGTGCCTGGTCCAATTGATAGTATGCACTTTGACATTACTTCTCTGCGTTTATCTGGGTTTCCT

GCTGATTCTCGTGTTTTACGATTTCTGTTTGGTATGCGTGACCATCTATTTCATACACACATGGCTCTTT

CAGGAAGTCCTAAGGCGATATAGACGCCTTTATATGTAA

3. Las secuencias del ejercicio 3 corresponden a una proteína humana y una proteína que se aisló del gallo:

- ¿Hay razón para creer que estas proteínas son homólogas?

- Argumente su respuesta.

SECUENCIAS PARA EJERCICIO 3

>gi|50728878|ref|XP_416324.1| [...] protein [Gallus gallus]

MLKEILNTVINNLKALIQKHADEQQFTSICQQQAANNSDMHVSCEHRKVADTILDFSFLISVSKSLQKAE

DEDMLLTAFNLGKTLRNGDGTEKRGAMPLLKRYKIEESFLDEDDDRKLKFFDTDSRHDFSNHGVPISVGR

KQLPYLALKGAIAFPADTEIQNIESVQERETVEEENSAKFPIGRRDFDMLRCMLGRVYRPCWQV

>gi|71361684|ref|NP_002665.2| pro-melanin-concentrating hormone [Homo sapiens]

MAKMNLSSYILILTFSLFSQGILLSASKSIRNLDDDMVFNTFRLGKGFQKEDTAEKSVIAPSLEQYKNDE

SSFMNEEENKVSKNTGSKHNFLNHGLPLNLAIKPYLALKGSVAFPAENGVQNTESTQEKREIGDEENSAK

FPIGRRDFDMLRCMLGRVYRPCWQV

4. BLAST. Identificación de un hongo: Unos investigadores han detectado una infección fúngica en un cultivo agrario. Existe duda en la identificación directa (crecimiento lento del hongo, características morfológicas similares entre varias especies, etc.) por lo que se manda a secuenciar un fragmento del ADN del hongo obteniéndose la secuencia del Ejercicio 4. Realizar un ejercicio de BLAST, comparando la secuencia problema con las de una base de datos.

- ¿Hay alguna secuencia reportada similar a la problema?

- ¿En qué organismo esta reportada esta secuencia?

- ¿Qué conclusión daría a los investigadores?

SECUENCIAS PARA EJERCICIO 4

>1

GTTTACGCTCTACAACCCTTTGTGAACATACCTACAACTGTTGCTTCGGCGGGTAGGGTCTCCGCGACCCTCCCGGCCTCCCGCCTCCGGGCGGGTCGGCGCCCGCCGGAGGATAACCAAACTCTGATTTAACGACGTTTCTTCTGAGTGGTACAAGCAAATAATCAAAACTTTTAACAACCGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAAT

TAREA 2. Alineamiento de secuencias

Ejercicio